高度先進医療は病気の治療をする時に通常の治療とは別の選択肢を増やすことができます。そのためより良い治療を受けられるので利便性は高いです。ただし問題点が全く無いという訳ではありません。検討する時にはこの問題点も踏まえて考えなければならないでしょう。例えば高度先進医療の有効性や安全性は、特定の医療機関で認められているだけです。つまり国による試験をクリアして認められている訳ではありません。そのような治療ですから、先進医療として特別視するのは問題があるのではないかという声も出ています。つまり安全性という部分でどれだけの信頼性があるのかは考えなければならないでしょう。
例えば政治で先進医療に関する規制緩和が図られました。ただし規制緩和をした場合にも無視出来無い問題があります。それは安全性を担保しない医療技術に関しての考え方です。安全性がきちんと認められていない物でも、規制緩和の影響によってなんでもかんでも先進医療としてくくられてしまうという不安材料も残っているのです。高度先進医療の場合は費用の事も考えなければならないでしょう。効果が少なかったり危険性があるのに先進医療として認められたとします。健康保険が適用できませんので費用面で高くなるのです。その結果、一部のお金を持っている人の選択肢が増えるだけになってしまったり、お金に余裕が無い方は高いレベルの医療技術を受けることが出来無いという問題が指摘されています。